Смутному времени предшествовал общий хозяйственный, нравственный, общественный и культурный кризис Московского государства. Церковные власти, следуя византийской традиции, были подчинены великокняжеской власти. Великий князь Дмитрий Донской многократно вмешивался в назначение митрополитов на Московское государство. В 1521 г. царь Василий III сместил не угодившего ему митрополита, присваивал деньги Церкви. При Иване Грозном (1533-1584) раболепство православной Церкви перед царем дошло до поддержки Церковью указов царя по ограничению церковного землевладения (в 1551 г. церковный собор одобрил указы царя, запрещавшие монастырям без царского разрешения приобретать земли, а собор 1584 г. это подтвердил) и до убийства в 1570 г. царскими слугами Московского митрополита Филиппа - главы Российской православной Церкви.
Православная Церковь в России пользовалась древне-церковно-славянским языком. Ни в монастырях, ни в подготовке белого духовенства не учили ни греческому, ни латинскому языку. В монастырях, не считая ведения летописей и писания жития святых, почти не создавалось ни богословской, ни тем более научной литературы. Духовенство было невероятно невежественно. Навещавшие Московскую Русь многочисленные иностранцы - все утверждают о крайнем религиозном невежестве простых мирян. Они не знали ни евангельской истории, ни символа веры, ни главных молитв, даже "Отче наш" и "Богородице Дево", объясняя свое невежество сложностью религии, пригодной лишь господам и духовенству, не занятых так работою, как они.
Для сокращения церковной службы было введено многогласие, при котором духовенство одновременно пело и читало различные части литургии, создавая тем самым в богослужении хаос. Реакцией на церковный беспорядок было появление на Руси в ХIV-XV веках ересей стригольников и жидовствующих. В самой русской православной Церкви в XVI в. наметился раскол на движение "нестяжателей" - "заволжских старцев", возглавляемых Нилом Сорским, выступавших за духовное обновление Церкви и отказывавшихся от церковного землевладения, и "стяжателей" - консерваторов, возглавляемых Иосифом Волоцким, выступавших за сохранение церковного землевладения. Победила партия консерваторов.
Стремясь расположить царя к силовой поддержке православной Церкви консервативное духовенство официально признало главу государства светским владыкой Церкви и обязало духовенство ему подчиняться. Борьба "стяжателей" и "нестяжателей" привела к обожествлению царской власти: царь подобен Богу, Церковь подвластна царю во всем, кроме догматических вопросов. В XVI веке цари установили обычай своей властью назначать епископов и митрополитов, определять участников соборов, вмешиваться в церковное судопроизводство.
Посещавшие тогда Россию иностранцы свидетельствуют, что не только между мирянами, но и в духовенстве господствовало у нас крайнее невежество, что между русскими не было ни одного, который знал бы латинский и греческий языки и был знаком с какими-либо науками; что не только священники, но сами епископы не знали ничего, даже Священного Писания, а ограничивались уменьем читать и петь при богослужении и что они не имели ни обыкновения, ни способности говорить в церквах собственные проповеди и поучения народу, а только читали готовые поучения древних учителей и жития святых.
Сообщая нам сведения о привязанности наших предков к обрядовой стороне их веры, иностранцы говорят часто с пренебрежением, с насмешкою, даже с прямым осуждением. Да иначе и не могло быть: они были иноверцы, и преимущественно протестанты, и, естественно, смотрели на всю нашу обрядность с своей точки зрения. Но нельзя не согласиться с ними, что приверженность русских к обрядности доходила до крайности, что они приписывали обрядам слишком большую важность и что в обрядах как бы полагали самую сущность своей веры. К сожалению, изучая историю настоящего периода, мы не раз встречались с разительными фактами, подтверждающими это.
Большинство русских смотрели тогда на нравственность односторонне и как веру свою полагали почти исключительно в обрядах, так и благочестие - в исполнении обрядов. Усердно соблюдали посты, праздники и другие постановления Церкви, много молились в домах своих и в храмах Божиих, служили акафисты, молебны, участвовали в крестных ходах, ходили по богомольям, подавали милостыню, жертвовали на церкви и монастыри, старались располагать жизнь свою по церковному уставу и думали, что уже исполнили свой христианский долг, угодили Богу. А о внутреннем благочестии, обуздании страстей, обновлении сердца, усвоении духа христианской любви вовсе не заботились. Это было благочестие по преимуществу внешнее, обрядовое, фарисейское. Оно было распространено и глубоко чтилось во всех слоях нашего общества, между тем как там же господствовали самые тяжкие пороки и почти совершенная безнравственность.
Главный же недостаток у наших владык был тот, что они, как прямо сказал им в глаза ростовский поп Скрипица, назирали за священниками "по царскому чину", чрез бояр, дворецких, недельщиков, тиунов, доводчиков, которые иногда до того притесняли духовенство своим неправым судом, своим вымогательством, взяточничеством, грабительством, что "от их великих продаж", как сознались на Стоглавом Соборе вместе с царем сами архиереи, многие церкви стояли пусты и без попов (Стоглав. Гл. 5, вопрос 7; гл. 68, 69). Условия быта нашего белого духовенства (о нравственном состоянии нашего монашества сказано нами в другом месте) были таковы, что нечего удивляться, если о нем сохранились одни лишь недобрые отзывы. Все наши пастыри, не только сельские, но и городские, были едва грамотные, малообразованные или вовсе необразованные и круглые невежды; они не понимали как следует ни той веры, которой должны были учить народ, ни священнодействий, которые должны были совершать, ни уставов и узаконений Церкви, ни самой важности своего пастырского служения. А с другой стороны, это были люди большею частию бедные, удрученные нуждою, всегда зависимые от своих прихожан, люди тяглые на своих архиереев, находившиеся под гнетом архиерейских чиновников. Чего же можно было ожидать от таких пастырей? И вот мы видим между ними целый ряд преступлений против обязанностей пастырских. Некоторые до того были ленивы и небрежны, что совершали Божественную литургию только через пять-шесть недель, даже через полгода (Стоглав. Гл. 41, вопрос 31) или, получая из казны исправно свою годовую ругу, также деньги молебные, панихидные, праздничные, пшеницу на просфоры, воск на свечи, отправляли литургию только однажды в год на свой храмовый праздник, а ни молебнов, ни панихид и никаких других церковных служб никогда не служили (гл. 5, вопрос 30). Другие если и не ленились совершать богослужения, то совершали их не сполна и не по уставу (гл. 5, вопрос 1), иное опускали (гл. 41, вопросы 9, 10, 12), иное извращали (гл. 9), пели в церквах бесчинно вдвое и втрое (гл. 5, вопрос 22), позволяли вносить в святой алтарь вместе с ладаном, свечами, просфорами "кутью и канун за здравие и за упокой, и на Велик день пасху, сыр, яйца и во иные дни калачи, пироги, блины, караваи и всякие овощи" и пр. (гл. 5, вопрос 35). Еще некоторые по невежеству, а может быть и по корысти, разрешали и благословляли, например в Белозерске и Устюжне, четвертые и пятые браки, а на Вятке венчали даже до шести, седьми и десяти раз, также в роду, в племени, в сватовстве и кумовстве; дозволяли мужьям без вины отпускать своих жен и жениться вновь, а отпущенных жен венчали с другими мужьями. Еще важнее и непригляднее были нравственные преступления духовенства и пороки. Главнейшим из них следует назвать пьянство и "упивание безмерное", которому предавались как причетники, так диаконы и священники. В пьяном виде они являлись повсюду: на приходе и даже в церкви. Здесь они бесчинствовали, говорили всякие неподобные речи, бранились, бились и дрались между собою (гл. 5, вопросы 15, 22). К этому пороку, бывшему источником и многих других, вдовые священники и диаконы присоединяли еще распутство. Многие из них открыто держали у себя наложниц и вообще вели такую бесчинную и зазорную жизнь на соблазн миру (гл. 5, вопрос 18), что в Пскове, например, сами священники сочли нужным удалить их от совершения церковных служб, не говорим уже об известных распоряжениях Соборов.
свидетельствует Стоглав, "по дальним странам ходили скоморохи большими ватагами, до шестидесяти, семидесяти и до ста человек, и по деревням у крестьян ели и пили насильно, и из клетей животы грабили, и по дорогам разбивали" (гл. 41, вопрос 19). Чувственные пороки - блуд, прелюбодейство, даже содомский грех весьма распространены были в народе, да и во всех сословиях. Сам царь и отцы Стоглавого Собора открыто исповедали, что эти-то "скверные, зазорные и скаредные" дела, особенно содомство, кроме того что служили "на смятение, и на соблазн, и на погибель многим людям", наиболее привлекали гнев Божий и казни на отечество и давали повод иноверцам изрекать "поношение и укоризну нашей православной вере христианской" (Стоглав. Гл. 5, вопрос 29 и гл. 33). Чувства целомудренности и стыда до того были заглушены, что, например, в Пскове мылись в банях мужи и жены, чернецы и черницы в одном месте, без всякого зазору (гл. 41, вопрос 18). В частности, против содомского греха еще прежде вооружался старец псковского Елеазарова монастыря Филофей, который умолял великого князя Василия Ивановича искоренить в православном царстве Русском этот грех, умножившийся не только в простом народе, но и в прочих классах ([7], 401). Через год после Стоглавого Собора митрополит Макарий в своем послании к воинам и жителям города Свияжска также укорял их за содомский грех и другие блудные дела и угрожал нечестивцам гневом Божиим, попалившим Содом и Гоморру, и затем гневом царским и отлучением от Церкви (там же. 414).